Po strašnem poskusu človekotvorjenja, v katerem sta brata Edward in Alphonse Elric poskušala obuditi svojo umrlo mater, starejši Edward izgubi roko in nogo, mlajši Alphonse pa svoje celo telo. Edward se opremi z mehanskimi protezami, znanimi kot avtomaili, in pridruži vojski kot državni alkimist, zato da bi našel način, kako povrniti telo sebi in svojemu bratu. Tako pride na sled legendarnemu alkimističnemu predmetu – kamnu modrosti.

V svetu obstaja veliko vrst alkimije. Edwardov nadrejeni, polkovnik Roy Mustang, plamenski alkimist, lahko nadzoruje ogenj. Shou Tucker, življenjevezni alkimist, pa obvlada najtežjo vejo alkimije – tvorjenje živih organizmov ter spreminjanje živih tkiv. A ne glede na njihove moči so alkimisti še vedno le ljudje. Ko skrivnostni morilec začne prežati na državne alkimiste, nihče ne more uiti njegovemu maščevanju.